خمیر سیلیکون درواقع یک رسانای گرمایی بسیار باکیفیت است که بین دو قطعه فلزی مورد استفاده قرار می‌گیرد که معمولاً این دو قطعه پردازنده و سیستم خنک کننده یا هیت‌سینک هستند. با استفاده از این خمیر گرما به‌راحتی میان پردازنده و هیت‌سینک رد و بدل می‌شود. این خمیر زمانی‌که بر روی پردازنده یا هیت‌سینک شما قرار می‌گیرد کلیه فضاهای خالی میکروسکوپی که بر روی پردازنده یا هیت‌سینک شما قرار دارد را پر می‌کند، زیرا هوا رسانای ضعیفی برای گرماست و این فضاهای خالی باعث عدم انتقال درست گرما و درنتیجه عملکرد ضعیف سیستم خنک کننده می‌شوند. خمیر سیلیکون یک رسانای گرمایی بسیار خوب است و در اینجا به عنوان رابط حرارتی عمل می‌کند و تا صد برابر هوا قادر است گرما را منتقل کند. ناگفته نماند که خمیر سیلیکون به اندازه فلز قدرت رسانایی گرما ندارد، بنابراین باید به اندازه مورد نیاز استفاده شود، در غیر اینصورت می‌تواند کارآیی سیستم خنک کننده را تحت تأثیر قرار بدهد.